Університет має висококваліфікований склад науково-педагогічних співробітників: в 2010 році в Університеті працює 555 викладачів, серед яких 90 докторів та професорів та 360 доцентів та кандидатів наук.

В структурі університету 7 факультетів, 54 кафедри, медичний коледж, науково-навчальний медичний Центр «Університетська клініка».

Практичні навички засвоюються на 445 клінічних і фармацевтичних базах.

Вітчизняні та іноземні студенти одержують вищу освіту за спеціальностями: «Лікувальна справа», «Педіатрія», «Фармація», «Технологія парфумерно-косметичних засобів», «Стоматологія» та «Лабораторна діагностика».

Післядипломний етап включає навчання в інтернатурі, магістратурі і аспірантурі з 28 спеціальностей, докторантурі з 12 спеціальностей, а також спеціалізацію, курси підвищення кваліфікації для лікарів, провізорів, фармацевтів та косметологів.

Запорізький державний медичний університет – відомий в Україні і світі першою в Україні трансплантаціей серця і печінки, першим вітчизняним ендопротезом колінного суглоба, низкою вітчизняних оригінальних лікарських препаратів, сучасним технологіями дистанційного навчання абітурієнтів та дистанційно-очного підвищення кваліфікації лікарів